Nama Semporna berasal daripada perkataan Simporna yang bermaksud 'tempat untuk berehat'. Nama Simporna ini diberi oleh seorang Gabenor Inggeris, iaitu W.M Crocker apabila beliau dan beberapa orang rakannya termasuklah seorang pedagang China yang bernama Toonah menemui daerah tersebut pada pertengahan tahun 1887 (Tabrett 1999).

Pada zaman dahulu kala, Semporna dikenali sebagai Tong Talun yang bererti 'Hujung Hutan' dalam Bahasa Bajau. Nama Tong Talun ini diberi oleh masyarakat Bajau Kubang yang merupakan suku kaum utama di kawasan Semporna. Semporna juga mempunyai banyak pulau-pulau di antaranya pulau terbesar iaitu Pulau Bum-bum.Semporna dulunya di kenali dengan istilah " MAGINDORA " yang terletak di Pulau Omadal.Pulau Omadal adalah sebuah pulau yang di diami Oleh Suku kaum Bajau Omadal @ Kubang,Bajau Asli Tongtalun